Τα τμήματα του Εργαστηρίου
Προς  εξυπηρέτηση των ανωτέρω στόχων έχουν αναπτυχθεί και λειτουργούν τα ακόλουθα τμήματα:

1.Εξωτερικό Ιατρείο Οστεοπόρωσης.
Το Ιατρείο Οστεοπόρωσης και Μεταβολικών Νοσημάτων των Οστών στεγάζεται στον χώρο των Εξωτερικών ιατρείων του Νοσοκομείου ΚΑΤ και παρακολουθεί περισσότερους από 1000 ασθενείς ετησίως

2. Τμήμα Κλινικών Ερευνών σχετικές με τα Μεταβολικά Νοσήματα των Οστών  
Το τμήμα αυτό είναι προσανατολισμένο στις κλινικές μελέτες σχετικά με τον οστικό μεταβολισμό. Είναι άμεσα συνδεδεμένο με το Ιατρείο Οστεοπόρωσης του Νοσοκομείου ΚΑΤ και με τα τμήματα Οστικής Πυκνομετρίας, Οστικής Βιοχημείας και Οστικής Ιστομορφομετρίας του Εργαστηρίου.

3. Τμήμα Εμβιομηχανικής και Κινησιολογίας
Με ειδικό εξοπλισμό, υπολογισμού της αντοχής των οστων και γενικότερα των μηχανικών ιδοτήτων του μυοσκελετικού συστήματος.

4. Τμήμα  εξειδικευμένων Βιοχημικών εξετάσεων
Το τμήμα αυτό ασχολείται με τις βιοχημικές εξετάσεις ελέγχου του ισοζυγίου του ασβεστίου και τους βιοχημικούς οστικούς δείκτες.

5. Τμήμα Παθολογοανατομικών εξετάσεων και Οστικής Ιστομορφομετρίας

6. Τμήμα Οστικής Πυκνομετρίας (DEXA) και Ποσοτικής Υπολογιστικής Τομογραφίας (pQCT)

7. Τμήμα Τεκμηρίωσης  και Ιατρικής Στατιστικής

8. Πειραματικό Χειρουργείο
Το πειραματικό χειρουργείο του ΕΕΠΜΣ είναι καλά οργανωμένο με 2 χειρουργικές αίθουσες και μία βοηθητική που χρησιμεύει σε εκπαιδευτικούς σκοπούς.

9. Τμήμα Εκπαίδευσης στην Μικροχειρουργική.
Στο τμήμα αυτό, που στεγάζεται στο πειραματικό χειρουργείο και συνεπικουρείται από την Κλινική Ακρας Χειρός και Μικροαγγειακής Χειρουργικής του Νοσοκομείου ΚΑΤ, παρέχεται συνεχής εκπαίδευση νέων χειρουργών και ορθοπεδικών στην τεχνική της μικροαγγειακής χειρουργικής. Το τμήμα διαθέτει επαρκή εξοπλισμό σε χειρουργικά μικροσκόπια και εργαλεία.

10. Αμφιθέτρο

11. Χώροι διαμονής πειραματοζώων
Στο τμήμα αυτό, υπό την εποπτεία Κτηνιάτρου, εξασφαλίζονται οι συνιστώμενες προδιαγραφές για τη διαμονή μικρών πειραματοζώων, κυρίως επίμυες και κουνέλια.